活動を支える年間の財源のうち、MSF日本に寄せられた約113億円の96％が民間からの寄付金です。遺産からの寄付については、2012年に約1億４千万円だったものが、いまは年に約10億円を超える規模にまで増えています。件数でみれば2019年は129件。件数では遺贈が3分の1、相続財産からの寄付が3分の2ですが、金額では8対2ほどになるといいます。